In den 60er Jahren reisen Jugendgruppen aus beiden deutschen Staaten zu den Orten des Naziterrors in Polen. Mit der Aktion Sühnezeichen entstehen vielfältige kulturelle Kontakte, die bis heute für den deutsch-polnischen Dialog von enormer Bedeutung sind.
1958 tagt die Synode der Evangelischen Kirche Deutschlands in Berlin-Spandau. Obwohl zu diesem Zeitpunkt die Teilung Deutschlands immer offensichtlicher wird, treffen sich die Vertreter der evangelischen Landeskirchen aus der Bundesrepublik und der DDR zur gemeinsamen Beratung. Am letzten Tag dieser evangelischen Synode verliest Präses Lothar Kreyssig den Aufruf zur Gründung der Aktion Sühnezeichen. Der
Aufruf trifft auf eine deutsche Gesellschaft, die erst in Ansätzen bereit ist, auch durch eigene Taten Buße zu tun und Schuld anzuerkennen. Auch auf polnischer Seite stehen nicht sofort alle Türen
offen. Im Herbst 1959 scheitern die letzten Versuche, DDR-Bürger an Einsätzen der Aktion Sühnezeichen zu beteiligen. 1962 begann die Arbeit von Aktion Sühnezeichen mit dem Aufbau und der Entwicklung von Sommerlagern, in denen Menschen aus verschiedenen Ländern für zwei bis drei Wochen zusammen leben und arbeiten. Dieser so bescheidene und
beschwerliche Anfang wird zum Fundament zukünftiger Arbeit. Die Projekte sind am Anfang nur auf das Gebiet der DDR und den innerkirchlichen Raum begrenzt. Es wird der Aktion Sühnezeichen untersagt, sich an öffentlichen oder kommunalen Projekten zu beteiligen. Auch eine Arbeit in den Mahn- und Gedenkstätten ist nicht möglich. Bei den Gesprächen mit staatlichen Stellen wird immer wieder gesagt, dass die Arbeit von Aktion
Sühnezeichen in der DDR nicht nötig sei: Die DDR sei ein antifaschistischer Staat, und dieser antifaschistische Staat sei somit für die Folgen des deutschen Faschismus nicht haftbar zu machen.
Gruppen aus der Bundesrepublik fahren in den Jahren 1965 und 1966 nach Auschwitz, Majdanek, Stutthof, Großrosen und Wroclaw. In der Gedenkstätte Auschwitz-Birkenau legen sie die Fundamente der ehemaligen Gaskammern des Vernichtungslagers frei. Zur gleichen Zeit können auch zwei Gruppen in Lidice und Theresienstadt/Terezin arbeiten. Für 1967 und 1968 liegen erneut mehrere offizielle Einladungen von Direktionen der Gedenkstätten in Polen und in der CSSR vor. Trotz dieser Einladungen verweigert die Regierung der DDR die nötigen Ausreisevisa. Endlich, im Jahr 1972 wird der visafreie Reiseverkehr zwischen der DDR und Polen sowie der CSSR eingeführt. Das stellt eine große Erleichterung für die Arbeit von Aktion Sühnezeichen besonders in Polen dar.
Nun können die Jugendlichen ohne Formalitäten an den Sommerlagern in Polen teilnehmen. Umgekehrt konnten auch viele der polnischen und tschechoslowakischen Freunde an den Einsätzen in der DDR teilnehmen. Obwohl auch in den siebziger Jahren die Position der Regierung gegenüber der Aktion Sühnezeichen unverändert bleibt, arbeitet 1979 erstmals
eine Gruppe in einer Gedenkstätte der DDR, und zwar in Buchenwald. Ein Jahr zuvor hat auch die kontinuierliche Arbeit zur Pflege und zum Erhalt von jüdischen Friedhöfen begonnen. Auf diese Weise kann nun ein Teil der Sommerlager außerhalb der kirchlichen Betätigungsfelder stattfinden. Ab 1981 wird die Anzahl der Lager in diesen Arbeitsbereichen erweitert; so etwa in Buchenwald, Sachsenhausen, Ravensbrück und Nordhausen-Dora. Sühnezeichen-Gruppen sind ab dieser Zeit an der Erhaltung und Wiederherstellung von jüdischen Friedhöfen in fast allen Regionen der DDR beteiligt.